โครงการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์สตางค์ มงคลสุข ได้เริ่มดำเนินการครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2547 เพื่อเป็นอนุสรณ์รำลึกถึง "ศาสตราจารย์ ดร.สตางค์ มงคลสุข" คณบดีท่านแรกและผู้ก่อตั้งคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล โดยได้ดำเนินการโครงการพร้อมกับการปรับปรุงห้องสมุดครั้งใหญ่ในปีเดียวกันนั้น หลังจากที่ห้องสมุดได้เปิดใช้งานมาตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2511 เป็นระยะเวลากว่า 36 ปี จึงมีสภาพที่ทรุดโทรมตามกาลเวลา พร้อมกันนี้เองจึงได้มีดำริริเริ่มจัดตั้งโครงการพิพิธภัณฑ์สตางค์ มงคลสุข ขึ้นมาเพื่อจุดประสงค์ดังกล่าวข้างต้น พิพิธภัณฑ์สต