พิพิธภัณฑ์การศึกษาจัดตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2549 เพื่อเป็นอนุสรณ์ครบรอบการก่อตั้ง 100 ปีของโรงเรียนวัฒโนทัยพายัพ อนุรักษ์ส่งเสริมศิลปวัฒนธรรมและงานภูมิปัญญาล้านนา เป็นแหล่งเรียนรู้ของนักเรียนและบุคคลทั่วไป ได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีได้เสด็จพระราชดำเนินเป็นองค์ประธานเปิดพิพิธภัณฑ์การศึกษาเพื่อเป็นเกียรติประวัติของโรงเรียน โดยภายในพิพิธภัณฑ์มีการจัดแสดงเกี่ยวกับพระเจ้าแผ่นดินในราชวงศ์จักรีและเจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ เอกสารสำคัญทางประวัติศาสตร์ และ สมุดบันทึกของโรง