จัดแสดงนิทรรศการเกี่ยวกับมรดกทางวัฒนธรรมในสามจังหวัดชายแดนใต้ เช่น ภูมิศาสตร์ ประวัติศาสตร์ โบราณคดี ชาติพันธุ์วิทยา ประเพณีวัฒนธรรม ฯลฯ จำนวน 13 ส่วน ดังนี้

1.ภูมิลักษณ์ชายแดนใต้ แสดงเนื้อหาภูมิประเทศที่อุดมสมบูรณ์เหมาะแก่การตั้งถิ่นฐานของจังหวัดชายแดนใต้

2.ก่อนกาลโบราณคดีและชาติพันธุ์ จากการขุดค้นทางโบราณคดีที่แหล่งโบราณคดีเพิงผาถ้ำศิลป์ จังหวัดยะลา พบร่องรอยหลักฐานที่บ่งชี้ให้เห็นว่ามนุษย์ก่อนประวัติศาสตร์ในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ดำรงชีวิตที่สอดคล้องกับสภาพภูมิประเทศและตามสภาพแวดล้อมที่มีความอุดมสมบูรณ์ทั้งสัตว์ป่า 

3.ประวัติศาสตร์ยุคต้น-ปาตานีดารุสลาม–รัตนโกสินทร์ มีการเคลื่อนย้ายศูนย์กลางชุมชนจากบริเวณเมืองโบราณยะรังไปยังบริเวณที่ใกล้ชายฝั่งทะเลและปากน้ำมากขึ้น ช่วงพุทธศตวรรษที่ 21-22 เมืองท่าปัตตานีเป็นที่รู้จักกันโดยทั่วไปของพ่อค้าโปรตุเกสและฮอลันดา สมัยรัตนโกสินทร์มีการแยกเมืองปัตตานีออกเป็น 7 หัวเมือง ได้แก่ เมืองปัตตานี  เมืองหนองจิก  เมืองยะหริ่ง  เมืองสายบุรี  เมืองระแงะ  เมืองรามัน  เมืองยะลา

4.จัดแสดงเรื่องราวผู้มีผลงานดีเด่นทางด้านวัฒนธรรม อาทิ นายขาเดร์ แวเด็ง ศิลปินแห่งชาติ ประจำปี 2536 สาขาศิลปะการแสดง(ดนตรีพื้นบ้าน), นายฉัตรชัย วิเศษสุวรรณภูมิ นามปากกา “พนมเทียน” ศิลปินแห่งชาติ ประจำปี 2540 สาขาวรรณศิลป์, นายเซ็ง อาบู ศิลปินดนตรีพื้นบ้านรองเง็ง ผู้มีผลงานดีเด่นทางด้านวัฒนธรรมแห่งสถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา ประจำปี 2555

5.ภาษาและวรรณกรรม แสดงภาษาถิ่นที่ใช้กันในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนภาคใต้ แบ่งได้ 2 กลุ่มใหญ่ คือภาษาไทยถิ่นใต้ และภาษามลายูถิ่น

6.แหล่งท่องเที่ยวทางวัฒนธรรม อาทิ เมืองโบราณยะรังอายุราว 1,300 ปี, มัสยิดกรือเซะ, ศาลเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยว, มัสยิดกลางจังหวัดปัตตานี, อุโมงค์เบตง เป็นต้น

ส่วนที่ 7-9 นำเสนอวิถีชีวิต รวมถึงประเพณีท้องถิ่นที่สำคัญในรอบปี ของชาวไทยพุทธ, ชาวไทยเชื่อสายจีน และชาวไทยมุสลิม

10.หัตถศิลป์ จัดแสดงงานหัตถศิลป์ที่มีชื่อเสียงของเมืองปัตตานี ยะลา และนราธิวาส ประกอบด้วย การเขียนลายเรือกอและ ผ้าลีมา เครื่องทองเหลือง กริชและศัสตราวุธ

11.ศิลปะการแสดงและการละเล่นพื้นบ้าน นำเสนอการแสดงและการละเล่นต่างๆที่มีเอกลักษณ์เฉพาะถิ่นในแบบสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ อาทิ หนังตะลุง โนรา มะโย่ง รองเง็ง ดีเกฮูลู

12.ภูมิปัญญาท้องถิ่น นำเสนอสถาปัตยกรรมทั้งท้องถิ่น การสร้างเรือน การทำมาหากิน เช่น การทำประมงพื้นบ้าน การทำนาเกลือ อาหารการกิน เช่น บูดู ข้าวยำ การถนอนอาหาร และขนมพื้นเมือง

13.ชายแดนใต้วันนี้ จำลองชีวิตประจำวันในตลาดท้องถิ่น เช่น ร้านน้ำชา การจับจ่ายซื้อของ การปฏิสัมพันธ์พูดคุยกัน