สถาบันการแพทย์แผนไทย เดิมเป็นหน่วยงานในสังกัดกรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2542 ได้มีพระราชบัญญัติคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย กำหนดให้การแพทย์แผนไทย เป็นหน่วยงานสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข มีหน้าที่รับผิดชอบในการรวบรวม อนุรักษ์ ฟื้นฟู ศึกษาและพัฒนาภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย เพื่อให้ประชาชนชาวไทยสามารถพึ่งพาตนเองในด้านสุขภาพ โดยนำเอาภูมิปัญญาไทยมาประยุกต์ใช้ให้เหมาะสม และสืบเนื่องจากแนวคิดดังกล่าวจึงได้มีการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์และศูนย์ฝึกอบรมการแพทย์แผนไทยขึ้น และจัดแสดงนิทรรศการบนเรือนไทย 7 ห้องประกอบด้วย

1. หอพระไภษัชยคุรุไวทยประภา จัดแสดงเรื่องความสัมพันธ์กันระหว่างพระพุทธศาสนากับการแพทย์แผนไทยหรือเรียกว่า “พุทธศาสน์การแพทย์”

2. หออบรมครูการแพทย์แผนไทย จัดแสดงความเชื่อเรื่องครูผู้ประสิทธิ์ประสาทวิชาความรู้ และพิธีไหว้ครูของแพทย์แผนไทย

3. วิวัฒนาการการแพทย์แผนไทย จัดแสดงถึงวิวัฒนาการการแพทย์ไทยตั้งแต่ยุคก่อนประวัติศาสตร์จนถึงยุคปัจจุบัน

4. ห้องภูมิปัญญาไทย จัดแสดงแนวคิดและทฤษฎีการแพทย์แผนไทย สาเหตุของการเกิดโรค การใช้สมุนไพรรักษาโรค จักรวาลกับชีวิต ธาตุทั้งสี่และธาตุเจ้าเรือน การแพทย์พื้นบ้านไทย

5. ห้องการนวดไทย จัดแสดงประวัติความเป็นมาเรื่องการนวด ซึ่งเป็นภูมิปัญญาประยุกต์การเรียนรู้จากธรรมชาติ

6. ห้องอาหารไทยเพื่อสุขภาพ จัดแสดงถึงวิวัฒนาการการกินอยู่ของคนไทยทั้ง 4 ภาค โดยเน้น พืช ผัก สมุนไพรของแต่ละภาค

7. หอยา จัดแสดงเรื่องวิวัฒนการในการปรุงยา เครื่องยา และยาไทยประเภทต่างๆ