สถาบันการแพทย์แผนไทย เดิมเป็นหน่วยงานในสังกัดกรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2542 ได้มีพระราชบัญญัติคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย กำหนดให้การแพทย์แผนไทย เป็นหน่วยงานสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข มีหน้าที่รับผิดชอบในการรวบรวม อนุรักษ์ ฟื้นฟู ศึกษาและพัฒนาภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย เพื่อให้ประชาชนชาวไทยสามารถพึ่งพาตนเองในด้านสุขภาพ โดยนำเอาภูมิปัญญาไทยมาประยุกต์ใช้ให้เหมาะสม และสืบเนื่องจากแนวคิดดังกล่าวจึงได้มีการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์และศูนย์ฝึกอบรมการแพทย์แผนไทยขึ้น และจั