พิพิธภัณฑ์อุทกศาสตร์ เป็นสถานที่รวบรวมเครื่องมือและอุปกรณ์ที่ไม่ได้ใช้ของกรมอุทกศาสตร์ กองทัพเรือ จึงนำมาปรับปรุงพัฒนาให้เกิดประโยชน์เป็นองค์ความรู้กับกำลังพลในกรมอุทกศาสตร์และหน่วยต่างๆ ของกองทัพเรือ สำหรับเป็นข้อมูลในการวางแผนและปฏิบัติการทางเรือในทุกมิติ และยังขยายองค์ความรู้ให้แก่ประชาชนทั่วไปได้เข้าศึกษาเรียนรู้อีกด้วย ภายในแบ่งการจัดแสดงเป็น 2 ส่วน คือ ส่วนแรก จัดแสดงประวัติความเป็นมาของกรมอุทกศาสตร์ ส่วนที่ 2 จัดแสดงเครื่องมือและแผนที่ของกรมอุทกศาสตร์