พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ บ้านเก่า จัดตั้งขึ้นในปี พ.ศ.๒๕๐๘ เพื่อเก็บรวบรวม รักษาและจัดแสดงโบราณวัตถุสมัยก่อนประวัติศาสตร์ที่ได้จากการขุดค้นทางโบราณคดีที่แหล่งโบราณคดีบ้านเก่าและแหล่งโบราณคดีอื่นๆในจังหวัดกาญจนบุรี สืบเนื่องจากจากการที่ เอช อาร์ แวน เฮเกอเร็น (H.R.Van Heekeren) นักโบราณคดีชาวฮอลันดา ซึ่งถูกจับเป็นเฉลยศึกและถูกเกณฑ์มาสร้างทางรถไฟสายมรณะในสงครามโลกครั้งที่ ๒ ได้พบเครื่องมือหินกะเทาะและขวานหินขัด ขณะทำงานอยู่บริเวณตำบลบ้านเก่า จังหวัดกาญจนบุรี เมื่อสงครามสงบลง จึงได้นำเครื่องมือหินที่พ