วัดพระธาตุหริภุญชัย เดิมเป็นที่ตั้งของ พิพิธภัณฑสถานมณฑลพายัพ หรือ ลำพูนพิพิธภัณฑสถาน พิพิธภัณฑสถานส่วนภูมิภาคแห่งแรกของภาคเหนือ เป็นสถานที่เก็บรักษาโบราณวัตถุและศิลปวัตถุของพื้นที่มณฑลพายัพ ต่อมาเมื่อกรมศิลปากรได้ประกาศจัดตั้ง พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ หริภุญชัย เพื่อเป็นสถานที่เก็บรวบรวมโบราณวัตถุและศิลปวัตถุที่ได้มาจากวัดสำคัญและแหล่งโบราณคดีในจังหวัดลำพูนขึ้น จึงได้ย้ายโบราณวัตถุบางส่วนไปจัดแสดง แต่ยังมีของบางส่วนอยู่ภายในวัด เนื่องจากพิพิธภัณฑ์วัดพระธาตุหริกุญชัย ยังคงได้รับบริจาคและสะสมโบราณวั